La celebració del Mil·lenari s'ha dotat de l'estructura organitzativa necessária per garantir tant l'eficàcia com la participació. S'han creat òrgans d'elaboració, coordinació i execució del projecte, on estan representats tots els àmbits i sectors de la ciutat, a més del propi Ajuntament.

El Mil·lenari compta amb un programa d'actes distribuït per tot l'any 2002, però també té una certa concentració en un moment puntual de màxima importància, que serà els mesos d'abril, maig i juny.

En aquest esquema general de programació, les entitats de la ciutat han aportat les seves activitats a la celebració del Mil·lenari i, d'altra banda, l'Ajuntament ha liderat els projectes més rellevants, comptant alguns dells amb el suport de diverses associacions santfeliuenques.